Powstał w 1959 jako instytucja wydawnicza powiązana z osobami skupionymi wokół miesięcznika „Znak”, „Tygodnika Powszechnego” (w którego budynku mieściła się początkowo siedziba firmy), kręgami opozycji (także solidarnościowej) oraz Kościołem, z którym w czasach PRL-u jako jedyne niezależne, świeckie wydawnictwo miał ścisłe koneksje.

Inicjatorem i pierwszym dyrektorem przedsiębiorstwa był Jacek Woźniakowski. Do innych osób współpracujących ze Znakiem w początkowym okresie działalności należą m.in. Jerzy Turowicz, Stanisław Stomma, Hanna Malewska. W czasach PRL-u wydawnictwo publikowało głównie literaturę katolicką i filozoficzną – pierwszą wydaną książką była nieodpłatnie przekazana Droga krzyżowa kard. Stefana Wyszyńskiego – oraz sporadycznie poezje, eseje i prozę.